建物は、1893年に松浦家の私邸として建てられた「鶴ヶ峯邸」を利用いる。平戸は地理的環境から古代より海外交流の歴史があり、対外貿易関係やキリスト教に関係する資料、それらにまつわる貴重な古文書類などがあり、多くの研究者も訪れている。
歴代当主・藩主にも個性豊かな人物がいたため、興味深い歴史資料・美術品も多く収蔵している。
その中でも江戸時代後期の平戸藩主であった松浦静山のコレクションは特別で、静山は平戸城内に楽歳堂という現在の博物館のような施設を設置した。
そこに当時としても貴重な文物を収蔵しており、それらの多くが現在の松浦史料博物館に受け継がれている。
閑雲亭は平戸藩最後の藩主が建てた草庵茶室。平戸藩主鎮信によって創始された茶道鎮信流の稽古場道場ともなっている。お茶（茶菓子つき）も振舞っている（有料）。
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