江戸時代に入り、別院は西に向かう比井街道の起点となり、東に熊野三山参詣道の紀州街道が通る要地として、日高川河口を利用して廻船業がおおいに栄えた。坊舎周辺には蝋燭・酒・木材問屋やかせ屋・油屋・旅籠が軒を連ねた。この地帯は醤油・味噌の発祥の地の一つとも言われる。
堀川屋野村
江戸時代の木造平屋造りの建物。本瓦の大屋根が覆い座敷窓を囲うベンガラの格子が長い伝統を伝えている。元禄年間より造られている味噌や昔ながらの醤油が有名。
日高別院
1595年創建。1825年に建立された本堂を中心に鐘楼・太鼓楼・山門・薬師門などが残る。
志賀屋為替家
江戸時代に建てられた二階平屋造り。