主祭神：大山祗命(おほやまつみのみこと)、大己貴命(おほなむちのみこと)、少彦名命(すくなひこなのみこと)の三神

湯殿山は、出羽三山の一つ。標高1504mの霊山で湯殿山神社本宮はもっとも神域とされる。羽黒山は観音菩薩（現在）、月山は阿弥陀如来（過去）、葉山や薬師岳は薬師如来（未来）とされ、それらの加護と導きにより現在・過去・未来の三関を乗り越え、湯殿山の大日如来（三関を超越した世界）の宝窟に安住し、即身成仏（生きたまま悟りを開く）の妙果を得るというものである。

素足となって登山するのが慣わしで、これは、大日如来と一体になって感得するためである。また古来より湯殿山には人工の社殿は設けていない。